政府客户：
作为首家以国家级科研院所为依托组建的综合性第三方检测机构，中国检验检疫科学研究院综合检测中心（以下简称：中心）承担了大量政府委托业务，为国家监管部门规范市场、维护经济秩序、有效应对食品安全突发事件提供了强有力的技术支撑和保障。
中心是以下政府机构与社会团体的委托检测机构：
原国家质量监督检验检疫总局
原国家食品药品监督管理总局
原各地出入境检验检疫局
原各地食品药品监督管理局
原环境保护部
中国环境科学研究院
中国环境监测总站
中国消费者协会
北京市科学技术委员会等
同时，中心与清华大学、天津大学、中南大学、南京大学、南京理工大学等多所高等学府建立了多领域多层次的技术合作。
企业客户：
多年来，中心的科学性和权威性也获得了国内外众多企业的信赖。长期合作的企业有：麦当劳、玛氏、雀巢、中粮、蒙牛、伊利、同仁堂、铭基、益海嘉里、恒天然、达能、雅培、菲仕兰、惠氏、纽利味、多美滋、卡夫、可口可乐、宝洁、亨氏、统一、天狮、圣农、福成五丰、现代牧业、雅士利、天士力、仙乐制药、致君制药、拜耳、明一、味好美、君乐宝、三元、美赞臣、澳优等国际和国内知名品牌。